제주 항파두리 항몽 유적은 현재까지 모두 12차례에 걸쳐 조사되었다. 그동안 지표조사와 시굴조사를 통해 대문지의 존재 가능성, 내성내 건물지의 확인, 요새 건물지와 망루지의 존재 확인, 추가 옹성의 축조, 구시물내 목조 구시통의 존재 등이 확인되었다. 2010~2011년 시굴조사에서는 내성도 외성과 마찬가지로 토성구조로 이루어졌으며, 성벽 하단 기초석렬과 판축된 성토층이 확인되었다. 또한, 내성지는 사다리꼴[梯形] 형태로 각각의 장축 길이는 북쪽 178m, 남쪽 192m, 동쪽 194m, 서쪽 192m 정도임을 파악하였다.

내성지내에서는 북서쪽으로 치우친 건물지 기단석렬, 초석, 적심석, 문지도리, 부와시설(敷瓦施設) 등 다양한 시설물이 확인됨에 따라 결국 이 구역은 내성의 중심 건물지로 판단된다.