1991년 제주시는 시내 중심가의 주차난을 해소하기 위해 삼도2동 43-3번지 일대 200여 평을 지상·지하 주차장부지로 예정 하였다.

이에 제주시는 이지역에 대한 매장문화재를 확인하기 위해 지표조사 및 발굴조사를 실시할 수 있도록 문화재관리국(현재 문화재청)에 발굴허가를 받아 1991년 9월 1일부터 9월 30일까지 제주목 관련 문헌조사와 현장 지표조사를 실시하였다.

조사결과 이 곳은 조선시대의 제주도 읍치장소인 제주목 관아지역으로 조선시대의 각종 문헌에 등장하며, 특히 18세기 이후의 문헌자료가 많은 것으로 밝혀졌다.

이에 제주시에서는제주대학교 사학과에 의뢰하여 1998년까지 4차례의 발굴조사를 실시하였고, 전체 발굴을 통해 외대문, 중대문지를 비롯하여 이를 축으로 서쪽에 자리했던 홍화각, 애매헌, 호고, 호적고, 우련당, 영리장방, 연못, 우물 유구와 이를 둘러싼 담장지등을 모두 확인함으로서 결국 18세기에 자리했던 관아건물의 전체적인 배치가 모두 확인되었다.

모란각 지점의 테스트피트 조사를 통해 조선전기층 아래로 고려시대·탐라시대 문화층이 자리잡고 있음이 확인되어 제주목 관아지 전역에 고대 탐라국시대부터 건물이 형성되었음을 알 수 있었다.
이에 제주목관아지는1993년 3월 30일 국가지정 사적 제380호로 지정 되었으며 발굴과정에서 확인된 초석·기단석 등을 토대로 『탐라순력도』와 『탐라방영총람』 등 당대의 문헌과 자료 및 중앙문화재위원·도내향토사학가·전문가 등의 고증과 자문을 거친후 1999년 9월 부터 복원사업을 시작하여 2002년 12월에 복원을 완료하고 2003년 1월 22일 준공식을 갖고 개관하게 되었다.