세계 섬·연안 생물권보전지역 네트워크는 제주도와 메노르카에 사무국을 두기로 한 것은 유네스코 본부 사무국의 제한된 인력문제를 우회하기 위함도 있으나 동 네트워크의 설립을 주창한 두 지역의 기여를 장려하기 위한 취지도 있다. 메노르카에서 열린 동 네트워크의 제1차 국제대회에서 두 개의 사무국을 두기로 한 동의안이 결의로 채택되었다.

네트워크 사무국의 임무는 네트워크 활동을 활성화하기 위해 필요한 사무처리, 연구 사업을 위한 관리 업무, 교육 프로그램의 운영이다. 제주도 사무국은 기후변화에 관한 연구 활동을 지원관리하고, 메노르카 사무국은 지속가능개발 분야에서 연구 활동을 지원하는 방안으로 양 사무국의 업무가 분담되었다. 네트워크 활동 지원은 유네스코본부의 사무국과 함께 상호 협력하고 있다.