| 연번 | 성명 | 재임기간 | 비고 |
|---|---|---|---|
| 1대 | 김윤기 | 1981. 02. 28. - 1994. 01. 05. | 1988.2.12 민속부장(제주도문화진흥원 민속부로 개편) 1989.7.14 관장(민속자연사박물관으로 환원) |
| 2대 | 고광수 | 1994. 01. 06. - 1996. 06. 30. | |
| 3대 | 양재박 | 1996. 07. 01. - 1998. 09. 13. | |
| 4대 | 김인탁 | 1998. 09. 14. - 2000. 02. 17. | |
| 5대 | 이영배 | 2000. 02. 18. - 2005. 08. 11. | |
| 6대 | 오승언 | 2005. 08. 12. - 2007. 08. 15. | |
| 7대 | 고권택 | 2007. 08. 16. - 2008. 03. 04. | |
| 8대 | 고영철 | 2008. 03. 05. - 2008. 08. 12. | 문화진흥본부박물관운영부장 박철수 2008.3.5 - 2009.1.8 김완택 2009.1.9 - 2010.1.11 김관호 2010.1.12 - 2010.8.5 강영호 2010.8.6 - 2011.1.18 (2008.3.5 문화진흥본부 박물관운영부 민속자연사박물관으로 개편) |
| 9대 | 강인택 | 2008. 08. 13. - 2009. 07. 02. | |
| 10대 | 홍남표 | 2009. 07. 03. - 2011. 01. 18. | |
| 11대 | 김태언 | 2011. 01. 19. - 2011. 07. 18. | 2011.1.18 제주특별자치도민속자연사박물관으로 환원 |
| 12대 | 홍성보 | 2011. 08. 29. - 2013. 07. 25. | |
| 13대 | 윤엄석 | 2013. 07. 26. - 2014. 08. 12. | |
| 14대 | 고경윤 | 2014. 08. 13. - 2015. 07. 28. | |
| 15대 | 김영수 | 2015. 08. 03. - 2015. 12. 31. | |
| 16대 | 양영환 | 2016. 01. 11. - 2017. 01. 03. | |
| 17대 | 오경찬 | 2017. 01. 13. - 2017. 07. 30. | |
| 18대 | 정세호 | 2017. 09. 06. - 2019. 09. 05. | |
